Od 1 lutego 2026 r. Krajowy System e-Faktur (KSeF) stał się obowiązkowym elementem rozliczeń dla przedsiębiorców – także w ochronie zdrowia. Poniżej wyjaśniamy, kiedy lekarz musi korzystać z KSeF, a kiedy nie, i co to oznacza w codziennej praktyce.

Czym jest KSeF?

KSeF (Krajowy System e-Faktur) to centralny system Ministerstwa Finansów służący do wystawiania, odbierania i przechowywania tzw. faktur ustrukturyzowanych. Jego celem jest ujednolicenie faktur VAT i automatyzacja rozliczeń pomiędzy firmami oraz instytucjami publicznymi.

Od kiedy KSeF będzie obowiązkowy?

Obowiązek będzie wprowadzany etapami:

• od 1 lutego 2026 r. – dla największych przedsiębiorców (sprzedaż w 2024 r. powyżej 200 000 zł),
• od 1 kwietnia 2026 r. – dla pozostałych przedsiębiorców, w tym lekarzy prowadzących działalność gospodarczą,
• od 1 stycznia 2027 r. – dla najmniejszych podmiotów (sprzedaż fakturowana poniżej 10 000 zł brutto miesięcznie).

⚠️ Od 1 lutego 2026 r. każdy przedsiębiorca musi odbierać faktury kosztowe przez KSeF, np. za paliwo, leasing, sprzęt, media czy inne materiały – niezależnie od tego, czy sam wystawia faktury w KSeF.

Kiedy lekarz musi wystawiać faktury przez KSeF?

KSeF jest obowiązkowy w obrocie gospodarczym, czyli gdy lekarz lub podmiot medyczny wystawia fakturę m.in.:

• na rzecz NFZ,
• w ramach kontraktów B2B (np. lekarz – szpital, klinika, spółka medyczna),
• na rzecz innych firm lub instytucji publicznych (B2B, B2G).

W praktyce oznacza to, że większość lekarzy prowadzących działalność gospodarczą i współpracujących kontraktowo z podmiotami leczniczymi będzie objęta KSeF. Generalnie nastąpi to po 1 kwietnia 2026 r.

A co z fakturami dla pacjentów?

Tu sytuacja się nie zaostrza. Usługi medyczne świadczone na rzecz pacjentów prywatnych są co do zasady zwolnione z VAT.

Lekarz nie ma obowiązku wystawiania faktury, chyba że pacjent o nią poprosi (w terminie do 3 miesięcy od wykonania usługi).

Jeżeli faktura jest wystawiana na rzecz pacjenta:

• nie musi być wystawiona przez KSeF,
• może mieć formę papierową lub elektroniczną,
• wystawienie jej w KSeF jest dobrowolne.

⚠️ Pacjent = brak obowiązku KSeF

⚠️ Firma / NFZ = KSeF obowiązkowy (co do zasady po 1 kwietnia 2026 r.).

Kasy fiskalne – bez zmian

Świadczenia zdrowotne wykonywane na rzecz pacjentów prywatnych nadal ewidencjonuje się na kasie fiskalnej, potwierdza paragonem fiskalnym, zaś paragon z NIP do 450 zł może nadal pełnić funkcję faktury.

Wyłączenia czasowe – więcej czasu dla małych praktyk

Do 31 grudnia 2026 r. z obowiązku wystawiania faktur w KSeF wyłączeni są m.in. podatnicy, których miesięczna sprzedaż fakturowana nie przekracza 10 000 zł brutto. Do wartości sprzedaży 10 000 zł nie będzie wliczana ani wartość faktur wystawionych przy użyciu kas rejestrujących, ani wartość paragonów fiskalnych do 450 zł uznanych za faktury uproszczone.

To rozwiązanie przejściowe ma ułatwić wdrożenie systemu najmniejszym praktykom.

Czy KSeF oznacza ujawnianie danych medycznych?

Nie. KSeF nie wymaga przekazywania danych medycznych ani informacji o stanie zdrowia pacjenta. Na fakturze wystarczy ogólna nazwa usługi (np. „konsultacja medyczna”, „świadczenie zdrowotne”). To lekarz decyduje, jak opisze usługę – dlatego zaleca się unikanie szczegółowych opisów, które mogłyby naruszać tajemnicę zawodową. Obawy dotyczą głównie lekarzy wystawiających faktury B2B. Medycy pracujący wyłącznie na etacie, którzy nie fakturują usług, w praktyce nie są bezpośrednio objęci KSeF.

Jak się przygotować?

Dostępna jest bezpłatna aplikacja KSeF 2.0 Ministerstwa Finansów. Logowanie jest możliwe przez Profil Zaufany, e-dowód lub podpis kwalifikowany. Spółki muszą wyznaczyć osoby uprawnione do systemu (formularz ZAW-FA), można nadać dostęp biuru rachunkowemu, nie ma obowiązku korzystania z komercyjnych programów księgowych.

Najważniejsze w skrócie

KSeF dotyczy lekarzy wystawiających faktury w obrocie gospodarczym (B2B, NFZ).

Faktury dla pacjentów prywatnych nie muszą być wystawiane w KSeF.

Zwolnienie z VAT nie znika – zmienia się jedynie forma fakturowania.

Małe praktyki (do 10 000 zł brutto miesięcznie) mają okres przejściowy do końca 2026 r.

System nie narusza tajemnicy lekarskiej, o ile rozsądnie opisuje się usługi.

eu